У Сектору за односе са финансијским институцијама обављају се послови: истраживања,  анализе и припреме за закључење финансијских аранжмана; сарадња са Међународним монетарним фондом (ММФ), Свјетском банком (WБ), Европском комисијом, комерцијалним банкама и другим мултилатералним и билатералним финансијским институцијама, провођење процедура за ново задужење, праћење динамике и ефективности кредита/грантова и услова за оперативност појединих транши кредита/грантова, процјену укупног прилива средстава из међународних извора за БиХ, финансијску имплементацију уговора и других аранжмана, послове избора неовисног ревизора и праћење процеса ревизије извршења међународних уговора, провођење процедура везаних за извршење обавеза по основу чланства у међународним финасијским институцијама, контролу финансијских аранжмана са финансијским институцијама и реализацију финансијских аранжмана, израду законских, подзаконских и других аката из надлежности Сектора, припрему пројеката и аранжмана који се реализују преко домаћих банака (револвинг фондови), припрему и праћење поступка уговарања и издавање гаранција БиХ, сарадњу са Централном банком БиХ, домаћим банкарским и финансијским институцијама (ИГА, Агенције за банкарство, Агенције за осигурање депозита и другим небанкарским депозитним институцијама), праћење прописа којима се регулише рад Централне банке Босне и Херцеговине, банкарски и девизни систем, систем осигурања и тржишта капитала, припремање уговора, споразума и других аката којим БиХ преузима зајмове и друге финансијске обавезе с другим земљама и међународним организацијама, израда анализа, извјештаја, информација и мишљења из области међународних финансијских односа и аранжмана БиХ, анализирање политике и мјера у области кредита са иностранством, учешће у поступку усаглашавања елемената макроекономске политике и припрема стратегије економског развоја, праћење провођења мјера за економски опоравак и раст на подлози фискалних, финансијских, законских и институционалних реформи, давања информационо–техничке подршке Централној банци БиХ.

Централна јединица за финансирање и уговарање програма и пројеката помоћи Европске уније (ЦЈФУ) у саставу Министарства је јединица за обављање послова имплементације предприступних фондова ЕУ, а у вези са финансирањем, уговарањем, набавком, плаћањем, надзором и контролом спровођења свих програма и пројеката помоћи Европске уније у Босни и Херцеговини. Јединица сарађује са Дирекцијом за европске интеграције, другим минситарствима и управним организацијама у фази финансирања програма/пројеката одобрених од стране Европске комисије, припрема вишегодишње програме финансирања пројеката; обавља финансијску и административну координацију пројеката финансираних од ЕУ;  организира локалне и међународне тендере за јавну набавку радова, услуга и роба по принципима и правилима утврђенм документима ЕУ; пружа консалтинг услуге и административну помоћ институцијама БиХ приликом евалуације резултата  предходно споменутих тендера, израда нацрта и закључивање уговора, израда нацрта уговорних обавеза између Јединице и примаоца / уговарача, укључујући увођење санкција у случају непоштивања обавеза; подноси уговоре на сагласност и одобрава плаћања од стране надлежних служби; провјерава које пријаве за исплату се могу одобравати према плану и критеријумима за одобравање (све фазе циклуса набавке су предмет еx-анте одобравања од стране Делегације ЕК); јединица обавља функције правног експерта процјењујући припремљене уговоре са корисницима пројекта / уговарачима, те процјену тендерске документације и интегралних налога; јединица обавља фукције које се односе на рачуноводство и трансфере банке кроз вршење рачуноводствене обраде пасиве и плаћања по пројекту и уговорима, евидентирање пасиве, плаћања и трошкова у посебним књигама по правилима и принципима ЕУ и у посебно инсталисаним рачуноводственим системима. Јединица је одговорна за управљање системом за финансијско праћење провођења пројеката и токова финансијских средстава. У сарадњи са НАЦ, обавља мониторинг имплементације појединачних пројеката и ревизију проведбе свих пројеката унутар програма финансирања ЕУ, у складу са  принципима  финансијске контроле укључујући рад независних интерних и вањских ревизора и ревизора ЕК. Истовремено у оквиру мониторинга јединица прати активности свих институција како би се постигао прогрес у имплементацији пројекта,  преглед извјештаја о напретку пројекта и иницирање поништавања уговора ако пројекти нису имплементирани у складу са планом. Јединица је одговорна за правовремено извјештавање у складу са захтјевима ЕК и Државног фонда који су садржани у финансијском споразуму између Државног фонда и ЦЈФУ. Јединица организује обуке у вези са припремом и спровођењем пројеката и обавља друге послове који су јој додјељени усвојеном Стратегијом о имплементацији децентрализованог система управљања помоћи ЕУ и дефинисаним Меморандумом о разумијевању измеђе БиХ и ЕУ. Јединица врши програмирање помоћи Европске комисије кроз предприступне фондове као што су ЦАРДС, САП, ИПА и др. везане за секторске и развојне политике процеса институционалне изградње на путу ка Европским интеграцијама

У оквиру Сектора за координацију међународне економске помоћи обављају се послови:  координација међународне економске помоћи БиХ, изузев дијела који се односи на помоћ ЕУ; координација с(а) и између мултилатералних и билатералних донатора/кредитора у циљу утврђивања и дефинисања њихових будућих планова улагања и осигуравања будућег финансирања развојних пројеката и пројеката техничке помоћи; имплементација и мониторинг  примјене принципа Паришке декларације о дјелотворној помоћи од стране институција БиХ и донатора у БиХ; презентација ПЈИ; промоција приоритета из ПЈИ потенцијалним финансијерима; годишња припрема и израда стратешког документа ПЈИ; реализација ПЈИ; координација и промоција учинковите имплементације развојних програма економске и техничке помоћи БиХ, у складу с утврђеним политикама и секторским стратегијама; мобилизација међународне економске помоћи у складу с развојним приоритетима из стратешких докумената БиХ; успостава учинковите и недуплициране сарадње са свим партнерима на државном и ентитетском нивоу, у циљу обезбјеђења проактивне координације између Министарства и релевантних државних и ентитетских институција и пружалаца помоћи; координација припреме међуентитетских развојних програма; координација пројеката и усклађивање с регионалним потребама развоја; процјена укупног финансирања и финансирања по секторима из домаћих и међународних извора; укључивање ПЈИ у систем управљања јавним финансијама; унапређење интегрисања токова помоћи с државним процесом прорачунавања и ПЈИ; мониторинг реализације програма и пројеката из ПЈИ БиХ и израда годишњих извјештаја о коришћењу средстава за развој уз широку анализу услова имплементације, прогреса и достигнућа, предности и слабости, трендова и развоја домаћих и страних инвестирања; обезбјеђење блиске координације између различитих функција координирања помоћи; учествовање у раду Одбора за координацију међународне помоћи; Секретаријат Одбора за координацију међународне помоћи; организација редовних консултативно-радних састанака с представницима босанскохерцеговачке власти и међународне заједнице; учествовање у раду Координационог форума донатора (ДЦФ); Секретаријат Координационог форума донатора (ДЦФ); припрема и проведба процедуре за усвајање и потписивање међународних аката из области координације међународне економске помоћи; информисање и извјештавање Савјета министара и Парламента БиХ о реализацији ПЈИ; припрема мишљења, одлука, упутстава, закључака и других нормативних аката који се достављају Савјету министара на усвајање а односе се на координациони механизам за управљање развојним средствима и ПЈИ; припрема приједлога закона, других прописа и општих аката из дјелокруга рада Сектора; припрема периодичних извјештаја о резултатима координације и мобилизације међународне помоћи за Савјет министара и Парламента БиХ и за пружаоце међународне помоћи.